Decodificando um mecanismo enigmático de resistência ao metronidazol entre fluoroquinolonas disseminadas globalmente

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Jun 20, 2023

Decodificando um mecanismo enigmático de resistência ao metronidazol entre fluoroquinolonas disseminadas globalmente

Nature Communications volume 14, número do artigo: 4130 (2023) Citar este artigo 1420 Acessos 19 Detalhes das métricas altmétricas Surtos graves e mortes têm sido associados ao surgimento e à crise global

Nature Communications volume 14, número do artigo: 4130 (2023) Citar este artigo

1420 Acessos

19 Altmétrico

Detalhes das métricas

Surtos graves e mortes têm sido associados ao surgimento e à propagação global de Clostridioides difficile resistente às fluoroquinolonas nas últimas duas décadas. Ao mesmo tempo, o metronidazol, um antibiótico contendo nitro, demonstrou eficácia clínica decrescente no tratamento da infecção por C. difficile (CDI). A maioria dos C. difficile resistentes ao metronidazol exibem um fenótipo de resistência incomum que só pode ser detectado em testes de suscetibilidade usando heme molecularmente intacto. Aqui, descrevemos o mecanismo subjacente a essa característica. Descobrimos que a maioria das cepas de C. difficile resistentes ao metronidazol carregam uma mutação T para G (que denominamos PnimBG) no promotor do gene nimB, resultando em transcrição constitutiva. Silenciar ou excluir o nimB elimina a resistência ao metronidazol. NimB está relacionado às proteínas Nim que são conhecidas por conferir resistência aos nitroimidazóis. Mostramos que NimB é uma enzima flavina dependente de heme que degrada nitroimidazóis em aminas sem atividade antimicrobiana. Além disso, a ocorrência da mutação PnimBG está associada a uma substituição Thr82Ile na DNA girase que confere resistência às fluoroquinolonas em cepas epidêmicas. Nossas descobertas sugerem que a pandemia de C. difficile resistente às fluoroquinolonas que ocorreu nas últimas décadas também foi caracterizada por resistência generalizada ao metronidazol.

A infecção por Clostridioides difficile (CDI), uma das principais causas de diarreia associada a hospitais, tem atraído a atenção internacional devido ao agravamento dos resultados clínicos resultantes da propagação global de estirpes epidémicas do ribotipo PCR (RT) 0271,2,3; RT027 pertence ao Clade filogenético 2 (Dados Suplementares 1 mostram a relação entre ribótipo e classificações filogenéticas baseadas em genomas de cepas; neste estudo, as cepas são classificadas com base em seu ribotipo e/ou clado filogenético, salvo especificação em contrário) . Estas estirpes causaram surtos de ICD na América do Norte, Reino Unido, Europa e América Latina, com um aumento da incidência de doenças graves, morbilidade e mortalidade1,2,6. Estes surtos globais também demarcam a era pandémica do CDI3. Durante esta época, o metronidazol e a vancomicina foram os dois principais antibióticos usados ​​para tratar ICD, até que a fidaxomicina foi aprovada pelo FDA em 2011. No entanto, devido ao declínio da eficácia, o metronidazol não é mais recomendado como medicamento de primeira linha para ICD em adultos na versão atualizada. Diretrizes IDSA/SHEA e ESCMID CDI7,8. Isto representa uma mudança significativa no paradigma de tratamento da ICD9,10,11,12, com o metronidazol reservado como terapia intravenosa em combinação com vancomicina para ICD fulminante7,8. Estas alterações na terapêutica da CDI, devido ao declínio da eficácia do metronidazol, justificam a elucidação dos factores genéticos microbianos que afectam este medicamento e a epidemiologia global da CDI. Os determinantes genéticos microbianos da resistência ao metronidazol são pouco compreendidos.

O metronidazol foi estabelecido como um antibiótico para ICD após ensaios clínicos nas décadas de 1980 e 1990, onde não só mostrou taxas de sucesso clínico comparáveis ​​às da vancomicina, mas também era muito menos dispendioso13,14. Contudo, nas últimas duas décadas tornou-se menos eficaz, em comparação com a vancomicina15,16. Isto foi originalmente observado num ensaio clínico randomizado, realizado entre 1994 e 2002, onde o metronidazol demonstrou uma taxa de cura de 84% em comparação com 97% observados com a vancomicina15. Em um segundo estudo clínico realizado entre 2005 e 2007, a vancomicina apresentou taxas de cura superiores ao metronidazol, 81,1% comparado a 72,7%16. Estes dois estudos revelam que o metronidazol tornou-se menos eficaz na era epidêmica. Na verdade, as falhas no tratamento com metronidazol no Quebeque mais do que duplicaram, passando de 9,6% em 1991-2002 para 25,7% em 2003-200417, que é também a região que notificou o primeiro surto da epidemia RT0272. As razões para a reduzida utilidade clínica do metronidazol têm sido um mistério de longa data. Uma possibilidade é que o aumento do uso de metronidazol em resposta ao aumento das taxas de ICD tenha imposto pressões de seleção que permitiram o surgimento e disseminação de C. difficile resistente a medicamentos.

2 μg/ml; Supplementary Fig. 1a, b)./p>T in gyrA (Thr82Ile in gyrase A) that confers resistance to fluoroquinolones. The Thr82Ile mutation has been associated with pandemic spread of health care-associated C. difficile24. There is no known mechanistic basis for an association between gyrA and metronidazole resistance. Instead, we hypothesize that the Thr82Ile in GyrA and the nimB-promoter SNP are both under positive directional selection, and that their combination could have enabled pandemic spread of C. difficile. To test this hypothesis, we first investigated the genomic data for signs of selection by identifying homoplasies: variants that arise independently more than once on the phylogeny and are a potential signal of positive selection55. Using ancestral reconstruction, we estimated that the gyrA mutation arose independently on 17 occasions in our sample of 348 strains, whereas the nimB-promoter mutation arose 15 times, placing both variants in the 99.9th percentile of homoplasies. These findings are indicative of positive selection and suggest that the use of metronidazole, in addition to fluoroquinolones, exerted important selection pressures shaping recent adaptation of C. difficile./p>

Our analyses of population-level genomic data found nimB and gyrA variants are advantageous, as expected for drug resistance mutations. The two mutations were strongly linked, and phylogenetic analyses suggest that strains carrying both mutations spread more rapidly in healthcare settings (Figs. 4b, 5a–f). This hypothesis is consistent with previously published data suggesting that fluroquinolone-resistant C. difficile spread rapidly across continents24,25,26. We found the combination of nimB and gyrA mutations in Clade 2 and to a lesser extent Clade 1 (Figs. 4b, 5a–f). This association could reflect niche specialization among the Clades. Large scale surveys of C. difficile genomic data have identified high rates of carriage of both antimicrobial resistance determinants and toxin genes in Clade 221,59,60. This genetic cargo reflects adaptation of Clade 2 to the antibiotic milieu of health care settings and pathogenicity in human diarrheal disease21,25. Clade 5 is similarly associated with antibiotic resistance and increased virulence59, but we did not identify the nimB-promoter mutation in our sample of Clade 5 isolates (Fig. 5f). Clade 5 antimicrobial resistance determinants reflect the livestock and farming environments that are associated with this Clade21 and absence of the nimB-promoter mutation from this Clade could reflect the distinct antibiotic selection pressures encountered in these environments. It is also possible that the nimB-promoter mutation, and resulting heme-dependent metronidazole resistance, is a human-specific adaptation. Given the small number of Clade 5 isolates included in our analyses, a larger sample size will be required to test this hypothesis. An alternative, but not mutually exclusive, explanation for the observed associations between the nimB-promoter mutation, the gyrA mutation and the Clade 2 genetic background is epistasis, i.e., interactions among genetic loci that affect cell physiology. It is striking that the nimB mutation almost exclusively appears among strains with the gyrA mutation (Fig. 4b). A potential explanation for this phenomenon is that the nimB-promoter mutation and constitutive formation of nimB imposes a metabolic burden and fitness costs that might be ameliorated in strains with the gyrA mutation. However, isogenic 23468 and 23475, which are resistant and susceptible respectively, did not show significant differences in growth rates (Supplementary Fig. 3). On the other hand, Thr82Ile mutation in GyrA either marginally enhances fitness or has no fitness costsIle on Clostridioides difficile fitness. J. Antimicrob. Chemother. 74, 877–884 (2019)." href="/articles/s41467-023-39429-x#ref-CR61" id="ref-link-section-d282361552e2966"61,62. Future studies will be required to determine the extent to which coexisting metronidazole and fluoroquinolone resistance affects C. difficile transmission, using clinically reflective animal and in vitro models./p>70% alignment to the reference./p>Ile on Clostridioides difficile fitness. J. Antimicrob. Chemother. 74, 877–884 (2019)./p>